Оркестр Фудзими

События аниме разворачиваются в Эдо, где продолжает действовать сёгунат Токугава. Часть населения недовольна существующей властью, однако изменить ситуацию не представляется возможным. На улицах города можно наблюдать представителей различных народов и рас. Японцы в основном смирились с тем, что страной управляют чужаки. Немногие готовы оказать сопротивление - это несколько самураев, ведущих собственную войну и ищущих путь к свержению власти. В рядах борющихся за свободу отсутствует единство, поэтому в таких организациях действуют бандиты, сотрудничающие с инопланетными союзниками.

Жизнь в районе Кабуки продолжается своим чередом. За два года, прошедшие с событий первого сезона, многие персонажи изменились и стали сильнее благодаря постоянным тренировкам. Молодой ученик Синпати Симура доволен, что его команда из агентства Гин на все руки снова готова участвовать в приключениях. Гинтоки, выступающий в роли учителя и босса, за этот короткий срок превратился в сурового бойца, чье тело покрыто шрамами.