Хана и Алиса: Дело об убийстве

Четырнадцатилетняя Тэцуко Арисугава, которую называют Алисой, переезжает из столицы в провинциальный город вместе с матерью после развода родителей. Она переводится в новую среднюю школу. Во время переезда Алиса замечает, что соседи наблюдают за ней из окон. В школе одноклассники игнорируют её. Алиса узнает, что её парта принадлежала ученику по имени Иуда, который, по слухам, был убит год назад. Таинственный сосед напротив, наблюдавший за переездом, оказывается девочкой по имени Хана Араи.

Алиса пытается выяснить, как связаны убийство Иуды и Хана Араи, которая не посещает школу и постоянно смотрит на неё из окна. События разворачиваются вокруг этого загадочного происшествия. Данное аниме является предысторией полнометражного фильма 2004 года «Хана и Алиса».