Сержант Кэроро: Кэроро против Тёмного Кэроро — Великая битва за небо!

В фильме отряд Кероро под руководством Фуюки Хинаты исследует заброшенный храм в городе Мачу-Пикчу в Перу. Во время поисков Кероро случайно активирует ловушку, что приводит к обнаружению скрытой комнаты. В центре помещения находится большой синий кристалл, установленный на подставке с ключом. Кероро нажимает на ключ, запуская неизвестный механизм, вызывающий сотрясение храма. Группа покидает комнату; при бегстве Кероро теряет свой Керо-шар, а Фуюки замечает светящуюся девушку, но не успевает сообщить об этом остальным. Отряд выбирается наружу, а девушка с появившимися светящимися крыльями наблюдает за ними. Внутри кристалла в комнате начинается процесс роста чего-то неизвестного.

События развиваются вокруг последствий случайной активации древнего механизма. Фуюки утверждает, что видел девушку, но не может предоставить подробностей. Отряд вынужден разобраться в природе находки и её возможных последствиях. В храме остаётся активный кристалл, который может представлять угрозу или содержать важную информацию. Дальнейшие действия персонажей будут направлены на исследование этого объекта и выяснение его связи с загадочной девушкой.