Синко с вихром и тысячелетняя магия

События разворачиваются в 1955 году в небольшом городе Хофу, расположенном среди рисовых полей. Тысячу лет назад на этой территории находилась древняя столица Суо-но-Куни. Синко Аоки, ученица третьего класса начальной школы, происходит из одной из уважаемых семей города. Она проявляет активность и выступает в роли лидера среди местных детей, постоянно находя занятия в окружающей среде.

В класс Синко переводится новая ученица из Токио по имени Киико Симацу. Девочка испытывает дискомфорт в тихой провинциальной обстановке после жизни в крупном городе, а местные дети относятся к ней с некоторой настороженностью. Несмотря на это, Синко и Киико сближаются и начинают проводить вместе всё свободное время. В ходе прогулок девочки обнаруживают исследовательскую группу, проводящую раскопки древнего строения. Выясняется, что это был дом губернатора, где проживала его дочь примерно того же возраста, что и Синко с Киико.