Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

События разворачиваются после завершения первой части. Главный герой продолжает существовать в альтернативной версии феодальной Японии, где привычные персонажи вселенной DC обрели облик ниндзя и самураев. Основной конфликт связан с попытками злодеев использовать технологии перемещения во времени для изменения истории. Герой сталкивается с необходимостью защитить не только настоящее, но и прошлое от разрушительных последствий вмешательства.

Ключевые персонажи первой части возвращаются, их роли и мотивации получают дальнейшее развитие. В сюжете появляются новые противники, чьи способности и цели усложняют задачу протагониста. Действие включает несколько временных периодов, что требует от героя адаптации к разным историческим контекстам. Исход противостояния зависит от того, сможет ли главный персонаж предотвратить цепь событий, ведущих к катастрофическим изменениям реальности.