Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После уничтожения последнего Ангела организация Nerv сталкивается с противодействием со стороны комитета Seele. Пилот Евангелиона Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбор между принятием человеческой индивидуальности и отказом от неё. Командующий Nerv Гэндо Икари готовится к запуску проекта совершенствования человечества. Для реализации своих планов он использует пилота Рей Аянами и существо Лилит. Развитие событий ведёт к решающему столкновению, которое определит дальнейшую судьбу мира.

Фильм «Конец Евангелиона» представляет альтернативную версию завершения сериала «Евангелион нового поколения». Сюжетная линия сосредоточена на разрешении конфликта между персонажами и раскрытии их мотиваций. Действие разворачивается в условиях приближающейся финальной битвы, исход которой зависит от принятых героями решений. Противостояние между Nerv и Seele переходит в завершающую стадию, где сталкиваются различные взгляды на природу человечества и его будущее.