Исчезновение Харухи Судзумии

Глава клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что Рождество члены клуба проведут в комнате клуба за праздничным ужином. Начинаются приготовления к мероприятию. Спустя несколько дней по дороге в школу Кён замечает странности: его разговор с Танигути не складывается, тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего разговора. В классе отсутствует Харухи, а Рёко Асакура, которая ранее была ликвидирована, сидит на её месте и общается с Кёном как ни в чём не бывало.

Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Юки Нагато оказывается обычной девушкой, которая является единственным членом литературного клуба. Кён обнаруживает, что ни клуба SOS, ни самой Харухи в этой школе никогда не существовало. Реальность изменилась, и Кёну предстоит выяснить причину этих изменений и восстановить прежнее положение вещей.