Аниматрица

Эпизод «Последний полёт "Осириса"» повествует об исследовательском корабле, чья команда обнаруживает армию вторжения. Один из членов экипажа проникает в Матрицу, чтобы доставить предупреждение. Остальные пытаются дать ему время, сражаясь с роботами-стражами. В эпизодах «Второе возрождение» описывается создание людьми идеального ИИ. Между людьми и машинами возникают разногласия, перерастающие в войну после протестов роботов и образования их государства. Люди используют климатическое оружие, чтобы закрыть небо облаками и лишить роботов солнечной энергии. Роботы находят альтернативный источник питания в виде людей. В итоге люди проигрывают войну и становятся «живыми батарейками» внутри Матрицы.

В эпизоде «Детская история» подросток после сверхреалистичного сна осознаёт, что окружающий мир является симуляцией Матрицы. За ним начинают охоту люди в одинаковых костюмах, и он пытается сбежать при помощи Нео. Действие эпизода «Программа» происходит в симуляции главной героини Сис, стилизованной под средневековую Японию. В эпизоде «Мировой рекорд» спортсмен во время важного забега перенапрягается, получает травму, но продолжает бежать с усилием. Это создаёт угрозу его пробуждения в реальном мире. Агенты, вселившиеся в других спортсменов, не могут его догнать. Дэн просыпается в капсуле, видит робота-сборщика и пересекает финиш с рекордным результатом. Дополнительная травма лишает его части двигательных функций, из-за чего Агенты оставляют его в живых. В инвалидной коляске Дэн решает стать свободным и пытается встать на ноги, преодолевая Матрицу. В эпизоде «По ту сторону» девушка ищет пропавшую кошку и находит странный дом, где играют дети. В доме искажается гравитация и происходят аномалии. Матрица замечает «ошибку рендеринга» в этой локации и отправляет отряд зачистки. В эпизоде «Детективная история» частный детектив Эш, одетый в стиле нуар, получает задание найти хакера Тринити. Следуя подсказкам, он оказывается на поезде, где понимает, что приблизился к тайнам Матрицы. Агенты пытаются через него захватить Тринити. Эш решает, что Тринити — его шанс понять происходящее. Однако Агенты преследуют их, и Эш чуть не превращается в одного из них. Тринити стреляет в него, полагая, что он «не справился». Детектив выражает желание пойти с ней, но Тринити исчезает, выпрыгнув из окна поезда. В финале Эш наводит пистолет на вбегающих агентов. В эпизоде «Посвящённый» действие происходит во время войны людей и машин. Главный персонаж — робот модели «Раннер», один из первых машин, подключённых к Матрице.