Югио! Тёмная сторона измерений

События разворачиваются через шесть месяцев после завершения битвы с Фараоном. Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы и начали обдумывать планы на будущее. Сэто Кайба, в свою очередь, продолжает попытки вернуть душу Фараона, для чего заново собирает «Головоломку тысячелетия». Однако его усилиям препятствует загадочный человек по имени Аигами.

Параллельно Кайба разрабатывает новую систему виртуальных дуэлей. Эта технология, по его замыслу, способна кардинально изменить индустрию «Дуэльных монстров». Конфликт с Аигами и работа над проектом становятся основными движущими силами сюжета, определяющими дальнейшие действия персонажей.